Det stämmmer som du skriver, du får AF med Nikon men inte med det Sigma, finns dock en hel del andra sigma som är med motor. Jag tycker Nikon's AF funkar fint även i makro så jag använder alltid AF för att ta första bilden, sedan kanske jag göra några justeringer manuellt.
Hade valt Nikon's 40/2.8, det verkar vara ett biligt bra objektiv vad jag hört, särskilt med en D3000som inte har en optimal sökare för att ställa in skärpan manuellt och där du kan behöva förliat dig på AF.
Vad man ska tänka på är att för att nå full avbildningsskala så måste man väldigt nära med ett 40-60 objektiv om man vill fota insekter så får man förflytta sig ganska mycket och vara tätt inpå. Vet inte arbetsavståndet för 40/2.8 men mitt 60/2.8 har nog inte mer än 5-6cm från fronlinsen, skulle tro att det är något liknade med 40/2.8 då det är något kortare uppbyggt. Det finns två mått; arbetsavstånd från linsen och närgränsen. Närgränsen räknas från sensorplanet ( spelar inte så stor roll men arbetsavståndet är bra att veta)
Om du vill ner i pris så kan du nog få ett begagnat Nikkor 85/3.5 eller 60/2.8 till samma pris som 40/2.8. Av dessa så ger 85/3.5 ett bättre arbetsavstånd. Tamron 90/2.8 är ett väldigt populärt makroobjektiv och den nya modellen har AF motor, detta ger väldigt bra bilder men är mekaniskt inte lika bra som Nikon eller Sigma objektiven. Tamron har inte internfokus, vilket gör att objektivet blir längre vid närgränsen, detta gör att arbetsavståndet blir ganska kort även om det är ett 90 objektiv.
Vad du än köper så blir du nog nöjd för alla makro är skarpa, så köp något med en bra AF
Kom på att ett 40/2.8 kan vara ganska användbart till annat än makro, det är som ett normalobjektiv och du kan då ha det inomhus eller ute för att få något som är ljusstarkare än kitzoomen. Kanske kan det inte ersätta ett 35/1.8, men åt det hållet i alla fall
photozone.de är ett bra ställe för att läsa om objektivtester