Jag märker att fokuseringsplanet inte ligger på samma djup hos 50D och 1100D på dina testbilder. (50D ligger lite närmare objektivet). Det gör det lite svårt att bedöma bilderna.
På de testbilder du visar så är det bättre skärpa hos 1100D, men med samma objektiv så bör det inte vara någon direkt skillnad.
Viktigt när du testar är att testa i så optimala förhållande som möjligt. Ös på med ljus på det du fotograferar med lampor/blixtar/ficklampor så att du kan hålla så kort slutartid och lågt ISO som möjligt. Alternativt, prova testa med din 50 f/1.8 istället, då får du in mycket mer ljus och kan hålla kortare slutartid samt lägre ISO.
Har du provat att fabriksåterställa kamerahuset i fall att föregående ägaren gjort någon konstig inställning?
Ladda gärna upp råfilerna på dina blomtester med, kamerahusen behandlar jpg konverteringen olika varpå det inte är riktigt rättvist att jämföra där.