Av nyfikenhet, vilken version av Lightroom använde du? (Det är väldigt(!) stor skillnad mellan version 2 och 3 när det gäller möjligheterna till brusreducering och detaljskärpa.)
Det första Lightroom visar, och som enligt din uppfattning har korrekt färg, är den inbäddade jpeg-bilden och som har den profil du har valt i kameran.
Det som händer sen är att Lightroom skapar en egen visningsbild utifrån bildens rådata, den renderas utifrån de inställningar du har satt som standard (default) i Lightroom. Som du säkert redan vet skiljer sig Lightrooms tolkning av rådatat ganska mycket från kamerans egen tolkning, därav olikheterna mellan den "första" tillfälliga visning mot den senare "permanenta" tumnageln.
Det tråkiga är nu att det inte finns en korrekt tolkning och därmed saknar vi facit för uppgiften, det här är en ganska jobbig insikt för många som använder råformat för första gången. Det blir således något du antingen gillar, det vill säga om du föredrar Lightrooms tolkning, eller hatar, då du har att kämpa med Lightrooms profiler för att få en tolkning som överensstämmer med kamerans egen (Adobe skickar dock med ett par färdiga profiler som mer skall efterlikna Nikons egna).
Ytterligare en felkälla som möjligen kan förstärka skillnaderna mellan den "tillfälliga" och den "permanenta" tumnageln är att du har olika färgrymd i kameran (för den inbäddade bilden) och i Lightroom.
Till sist, Adobes grundinställning är att ta med så mycket information i bilden som möjligt (Automatisk Toning). Detta innebär ofta att bilderna känns platta och saknar sting, det är avsiktligt för att vi skall ha ett så bra negativ att utgå från som möjligt. När du sedan justerar bilden handlar mycket om att skapa en "tryckbar" kopia genom att reducera informationen för att anpassa motivets vitbalans, kontrast, mättnad, nyans och skärpa (arbetsgången är att börja uppifrån och gå nedåt i Framkalla modulen). När du har gjort detta kan du spara justeringarna (eller delar av) som en egen profil som du kan använda automatiskt på efterföljande bilder.
Tillverkarnas egna råkonverterare är vanligen optimerade för att få en "tryckbar" kopia direkt, och använder därför en standardprofil som kastar bort en hel del information för att få den efterfrågade stunsen i bilden direkt. Sedan kan du backa tillbaka ytterligare information om du så vill och om informationen finns (alltså den direkta motsatsen till Adobes tankesätt).
Gillar du det sistnämnda tankesättet bättre skall du direkt ändra Förinställningarna för Standardframkallning till att inte använda Automatiska Tonjusteringar (Redigera -> Inställningar -> Förinställningar), välj sedan den förinställning som du tycker är lämplig (Allmän -Hål eller Allmän - Nollad) och den kamerakallibreringprofil (eg. Camera Standard) som matchar dina val i kameran. Både förinställningarna och profilen kan du sedan justera efter tycke och smak och därefter använda som standard i fortsättningen.
Det låter naturligtvis ganska krångligt för nybörjare (och de ät det) men det är mestadels ett engångsarbete, som du itererar ett par gånger tills du hittar något som ger snarlikt resultat som tillverkarens egen råkonverterare (eller hellre ett ännu bättre resultat). Att ändra tankesätt kan ibland vara lättare och resultatet blir inte nödvändigtvis samma utan bättre, arbetssättet med automatisk toning strävar ju efter att utnyttja informationen i varje råbild maximalt.