Jag tycker att skillnaderna mellan D90 och 40D är tillräcklgit små för att man ska kunna låta smaken avgöra vad man ska köpa så länge det inte finns specifika funktioner man vet att man behöver. Om det är värt att betala lite mer för D90 beror ju på vilka egenskaper man värdesätter. Den har ju, tex, bättre bildkvalitet och trådlös styrning av blixtar kompatibla med Nikons trådlösa system inbyggt (kräver tillbehör till en 40D). För de som tycker att en bra skärm är viktigt har ju D90 en bättre sådan. D90 har även en bättre sökare. Dessa saker skulle ju kunna vara värda att betala lite mer för, tex, men det beror ju på vad man värdesätter. 40D har snabbare seriebildstagning och är något robustare byggd (inte för att D90 är något "fuskbygge").
Jag använder själv Nikon och har ju därför en preferens såklart, men jag gillar D90:n bättre, men det är väl mycket för att den känns mer "hemma".
Det kan ju åxå vara värt att kolla på vad de två olika systemen erbjuder och hur priserna ser ut på de saker som man tror sig komma att behöva i framtiden eller drömmer om att ha. Även om objektiv från 3:e part jämnar ut skillnaderna lite så är Nikon generellt bättre på vidvinklar och Canon är billigare på långa telen (som oftast har bildstabilisering när Nikons diton saknar detta), tex.
Att bara ha ett 50mm-objektiv på en kamera med APS-C-sensor (som D90 och 40D tex) skulle jag däremot inte vilja. Hellre en 35:a isf (nikon har ju en trevlig sådan), men jag hade alla dagar i veckan hellre valt en 18-55 IS/VR än enbart ett fast objektiv, oavsett vilket kamerahus det blir..