Det bror på.
Tekniken bakom X-trans i CFA är riktigt innovativ och lysande. Ingen moare trots avsaknad av HPF framför CFA. Samma sensor kan då leverera högre verkningsgrad/upplösning jämfört med en med Bayer CFA framför exakt samma sensor. Detta ger oftast lysande (och bättre bilder) i JPEG.
Problemet är RAW. Eller Nja. Egentligen inte RAW i sig självt. Där är inte heller egentligen något tekniskt problem i sig (en RAW-konverterare gör ju samma jobb på en dator som kameran gör i sin firmware).
Problemet är att eftersom det är bara Fuji som kör en annan typ av CFA än Bayer, så är det en relativt ovanlig teknisk lösning med en relativt liten marknadsandel. Detta då Fuji är en relativt liten "botiquetillverkare" på kameramarknaden i stort (även om relativt stora på nischade marknader som "high end"-optik och kemisk film som Instax).
Det innebär att inte alla RAW-konverterare har stöd för X-trans demosaicing, eller om de har det, så är det ofta inte på lika bra nivå som demosaicingen för Bayer CFA:er.
Detta i sin tur leder till att man inte alltid för lika lysande resultat med RAW-filer, beroende på RAW-konverterare och generation. Vissa är helt lysande (och snäppet bättre än Fujis in-camera demosaicing, som tex. Irident), vissa har blivit helt OK (som tex. Adobe Lr6, eller Capture 1 Pro, i senaste version), medans vissa inte riktigt är där än. Vissa har inget stöd alls (som tex. DXO).
Kanske lite snabbfattad förklaring på din fråga/undran, och den kan definitivt byggas ut ytterligare.