Efter lite googlande på "cr2 open source writer" så hittade jag sidan "
Scripts for Reading and Writing Canon RAW files".
Vilket i stora drag ser ut att fungera. Lightroom och Camera Raw läste in filen utan några uppenbara fel. Det blev dock fel färger på thumbnailsen i DPP, men när jag öppnade filen så såg det bra ut.
Så svaret på ursprungsfrågan får väl bli: det beror på. Med rätt kamera och om det är ok med missfärgade thumbnails så är det mycket enkelt. Om allt måste vara 100% felfritt så är det inte lika enkelt men klart möjligt om man lägger lite tid på det.