Efter lite googlande på "cr2 open source writer" så hittade jag sidan "Scripts for Reading and Writing Canon RAW files". Vilket i stora drag ser ut att fungera. Lightroom och Camera Raw läste in filen utan några uppenbara fel. Det blev dock fel färger på thumbnailsen i DPP, men när jag öppnade...

Ta en titt på Show Focus Points, det ser ut att göra det du är ute efter.

För några år sedan, innan jag började använda Lightroom, körde jag med GPicSync. Vad jag minns så fungerade den bra för mitt behov.

DaVinci Resolve borde fungera, finns i en gratis variant som verkar helt ok.

Jag har inte programmet själv så jag vet egentligen inget om det, men efter att jag trixade lite med URLen så hittade jag... http://www.adobe.com/special/premiereel/downloads/ Finns möjligen det du letar efter där?

Det var en bug ska vara fixad i version CC2015.12 och 6.12. Jag har inte sett något om äldre releaser. Lightroom: Map module keeps flashing "map offline" when it's not

Som standard så kommer bara RAW-filen med vid import, antagligen för att det inte är speciellt stor poäng med JPEG-filen om bilden finns som RAW. Om du verkligen behöver båda så kan du ändra det under "Inställningar..." -> "Importalternativ" -> "Ha JPEG-filer intill Raw-filer som separata...

Om du gör rätt vid punkt 2 och verkligen ritar ut en markering så samplas inte bilden om. Om du däremot bara klickar på bilden så kommer den att samplas om.

I Photoshop CC kan du göra så här... Aktivera beskärnings/crop verktyget. Gör en markering med verktyget, storleken har ingen betydelse. Det räcket inte med att bara klicka på bilden för att få en markering utan du måste verkligen rita ut en markering. Högerklicka på bilden och välj "Använd...